DELETE FROM wp_usermeta WHERE NOT EXISTS ( SELECT * FROM wp_users WHERE wp_usermeta.user_id = wp_users.ID )
Поскольку плагин WP-Sweep не очищает эти метаданные, автор предлагает сделать это вручную:
SELECT user_id, meta_key FROM wp_usermeta WHERE user_id NOT IN (SELECT ID FROM wp_users)